Cara membuat counter menggunakan timer di ATmega 16. ATmega memiliki tiga buah timer yaitu T0, T1 dan T2. Timer 0 dan Timer 2 merupakan timer 8 bit sementara timer 1 merupakan timer 16 bit. Penggunaan timer setidaknya dibagi menjadi tiga, yaitu timer biasa, counter atau sebagai pengatur Pulse Width Modulation (PWM).
Timer biasa digunakan sebagai pewaktu, dengan nilai timernya disesuaikan dengan kristal oscilator dan prescaller yang digunakan. Counter dipakai untuk melakukan penghitungan/pencacahan, sementara PWM biasa digunakan untuk mengatur kecepatan motor/ intensitas kecerahan cahaya pada led.